Durante il regno di Francesco I emersero i primi conflitti religiosi. Nonostante la sua mentalità aperta, il re considerava la dottrina protestante una minaccia alla propria autorità.
Sotto il regno di suo figlio Enrico II (1547-1559), le tensioni religiose crebbero in modo preoccupante. Più intollerante del padre, Enrico II intensificò la persecuzione contro i protestanti, emanando numerosi editti e istituendo le camere ardenti per condannarli al rogo. Nonostante la repressione, il movimento anti-cattolico si rafforzò, sostenuto da leader come Giovanni Calvino. Le idee protestanti trovarono terreno fertile tra i ceti urbani della borghesia e degli artigiani, e anche parte dell'aristocrazia si mostrò ricettiva alla loro propaganda. Questo crescente dinamismo provocò una reazione di odio violento da parte dei cattolici più intransigenti, convinti, come i protestanti, di essere i soli custodi della “vera fede”. Il paese sembrava sull'orlo di una guerra civile, un clima ulteriormente aggravato dalla guerra contro la Spagna e dalla morte improvvisa del re nel 1559 dopo la pace di Cateau Cambresis.
Nel 1560, diversi schieramenti politici e religiosi iniziarono a lottare per guadagnare influenza sul giovane Francesco II. Il potere fu affidato al duca di Guisa e al cardinale di Lorena, zii della regina Maria Stuarda, entrambi ferventi cattolici. Di fronte a questa netta presa di posizione, i protestanti, guidati dal principe di Condé, tentarono un colpo di stato che culminò nella congiura di Amboise.
La morte improvvisa di Francesco II alla fine dello stesso anno portò a una tregua temporanea. Caterina de' Medici, divenuta reggente in nome di Carlo IX, ancora troppo giovane per governare, cercò di promuovere una politica di conciliazione tra cattolici e protestanti. Con il sostegno del cancelliere Michel de l'Hospital, organizzò incontri tra le due fazioni e tentò di mantenere l'unità religiosa della Francia attraverso il Colloquio di Poissy. Tuttavia, le profonde divisioni tra cattolici e protestanti resero impossibile qualsiasi accordo duraturo. Nonostante ciò, grazie alla politica moderata di de l'Hospital, le persecuzioni contro i protestanti si attenuarono, permettendo loro di esprimere apertamente la propria fede. Di conseguenza, la comunità protestante crebbe rapidamente, e nel 1561 si stima che vi fossero circa due milioni di protestanti in Francia.
Questa crescita preoccupò profondamente i cattolici, che vedevano l'espansione del movimento protestante come una minaccia. Gli episodi di violenza reciproca si intensificarono in tutto il paese. Oltre alla violenza fisica, si verificarono anche forme di violenza simbolica: i calvinisti, contrari al culto delle immagini, distruggevano e danneggiavano affreschi e statue nelle chiese cattoliche, mentre rifiutavano il concetto di transustanziazione, arrivando a profanare le ostie. I cattolici, d'altra parte, consideravano eretici i principi protestanti come il sacerdozio universale e la traduzione della Bibbia in lingua volgare, spesso bruciata o gettata nei fiumi come segno di disprezzo.
Entrambe le fazioni si accusavano reciprocamente non solo di empietà, ma anche di immoralità. I protestanti sostenevano che i preti cattolici fossero moralmente corrotti, utilizzando il confessionale per sedurre donne giovani, e accusavano i monaci di sodomia. Dal canto loro, i cattolici pubblicavano pamphlet che descrivevano i raduni protestanti, spesso tenuti di notte nelle case private, come occasioni per orge e riti satanici.
Il 17 gennaio 1562, Caterina de' Medici emanò l'Editto di Saint-Germain-en-Laye, che garantiva ai protestanti la libertà di culto e di coscienza, a condizione che restituissero le chiese cattoliche di cui si erano appropriati. Tuttavia, la fazione cattolica, guidata dai Guisa, rispose con il Massacro di Vassy il 1° marzo dello stesso anno. Questo episodio segnò il primo atto di violenza su larga scala dei cattolici contro gli ugonotti, anticipando tragicamente la Notte di San Bartolomeo.
Si possono distinguere tre fasi nello sviluppo delle guerre di religione: Le guerre di religione in Francia si svilupparono in tre fasi principali:
1. Offensiva protestante (1560-1572): Il protestantesimo crebbe di popolarità nelle città e tra la nobiltà, alimentando la speranza di convertire l'intero regno. Tuttavia, il Massacro della Notte di San Bartolomeo del 1572, con l'uccisione di importanti leader ugonotti, stroncò queste ambizioni. La maggioranza cattolica nelle campagne, eccetto alcune aree, provocò una tensione tra città e campagna.
2. Offensiva dei “Malcontenti” (1572-1580): Le guerre di religione assunsero un carattere politico, con un movimento moderato, guidato da Francesco d'Alençon e nobili cattolici, che si oppose all'autorità reale.
3. Offensiva cattolica (1580-1599): Con la Controriforma, i cattolici intensificarono i loro sforzi per eliminare i protestanti, cercando di ristabilire il controllo religioso e politico.